Việc khánh thành cầu Phú Mỹ trên đại lộ Nguyễn Văn Linh cho phép tất cả các loại xe tải lưu thông qua cầu vào ngày 18 tháng 3 năm 2010, người dân lo sợ vấn đề đối mặt với tiếng ồn và khói bụi. Một số người cho rằng chủ đầu tư khi thiết kế khu đô thị chưa tính đến khoảng lùi đủ xa để giảm thiểu tiếng ồn và đưa dẫn chứng là những nhà mặt tiền vẫn rung khi có xe tải chạy qua. Đại diện chủ đầu tư Phú Mỹ Hưng cho biết các làn xe đã quy định rõ tuyến đường xe tải và đa phần nhà mặt tiền của khu A là văn phòng làm việc của các công ty, ngân hàng nên "việc xe cộ lưu thông nhiều không ảnh hưởng đến môi trường sống, tiếng ồn gây mất giấc ngủ của người dân."[17]

Ngoài ra, cư dân tại Phú Mỹ Hưng nói họ chịu ảnh hưởng bởi mùi hôi thối bất thường. Một nhóm các hộ dân Phú Mỹ Hưng lập ra trên mạng xã hội tên "Sự thật mùi hôi thối ở Phú Mỹ Hưng". Giáo sư, Tiến sỹ Khoa học Lê Huy Bá, chuyên gia về độc học môi trường nói với BBC Tiếng Việt: "Nguồn phát sinh đã xác định được là từ bãi rác Đa Phước. Không có lý do để chối tội cả" [18].

Cuối tháng 6.2018, người dân cho biết, những ngày gần đây, mùi hôi theo những cơn gió xộc vào nhà các hộ dân thuộc khu đô thị Nam Sài Gòn khiến nhiều người tại khu vực Phú Mỹ Hưng, quận 7 phải đóng cửa nhà cả ngày. Tình trạng này đã kéo dài trong vài năm trở lại đây, mùi hôi nồng nặc nhất lan tỏa khu đô thị Nam Sài Gòn trong mùa mưa từ tháng 5 đến tháng 11 gây ảnh hưởng tới đời sống cũng như sức khỏe cư dân khu vực này.[19]. Giám đốc Sở Tài nguyên môi trường Nguyễn Toàn Thắng cho biết, "Không đợi đến phản ánh từ báo chí, mà ngành tài nguyên môi trường có hệ thống quan trắc kết nối với trung tâm dự báo. Được biết năm nay do ảnh hưởng của biến đổi khí hậu và các mùa nên sẽ có mùi hôi" [20].